Fosfors un slāpeklis
No 1800. gadiem līdz mūsdienām Baltijas jūra no oligotrofas tīrūdens vides ir kļuvusi eitrofiska. Slāpeklis un fosfors ir vienas no tām barības vielām, kas ierobežo augu augšanu un līdz ar to nerada nekādus tiešus draudus jūras organismiem. Eitrofikācija nozīmē, ka barības vielu koncentrācija ūdenī ir pārāk augsta, un tas izraisa aļģu masveida augšanu, kas negatīvi ietekmē ekosistēmu.
Kādas ir pārmaiņas? Piemēram, nedzidrs ūdens, izmaiņas sastopamo zivju populācijās un veģetācijā, organisko vielu pārmērīga rašanās, skābekļa patēriņa pieaugums, kā arī skābekļa nepietiekamība jūras dibenā, kas var novest pie dziļūdens dzīvnieku bojāejas.
Slāpeklis un fosfors Baltijas jūrā nonāk kā ūdens vai gaisa piesārņojums. Lielākā daļa piesārņojošo vielu jūrā nonāk pa ūdeni no upju sateces baseiniem un grāvjiem vai tieši no piekrastes teritorijām. Galvenie ūdens piesārņojuma avoti sateces baseinā ir lauksaimnieciskā darbība, mežsaimniecība, rūpniecība, zivsaimniecība, mājsaimniecības, kā arī dabā sastopamie piesārņojuma avoti. Gaisa piesārņojuma ietekme uz Baltijas jūru izpaužas kā nokrišņi, turklāt to izcelsme meklējama gan Baltijas jūras sateces baseinā, gan ārpus tā. Starp gaisa piesārņojuma avotiem jāmin gan jūras un sauszemes transports, gan lauksaimnieciskā darbība un enerģijas ieguve.
Ja pārmērīgas eitrofikācijas radītie procesi jau ir sākušies, tos iegrožot ir ļoti grūti. Nogulsnēs gadiem ilgi uzkrājušās barības vielas ir grūti likvidēt, un tās turpina nodrošināt aļģu un augu augšanu. Anoksos jeb bezskābekļa apstākļos fosfors no nogulsnēm izplūst, veicinot ūdens eitrofikāciju. Šo procesu sauc par iekšējo piesārņojumu, un to kontrolēt ir daudz grūtāk nekā upju, piekrastes teritoriju un gaisa radīto piesārņojumu.
Īpašās fizikālās īpašības Baltijas jūru padara par vienu no pasaules lielākajām iesāļūdens ūdenstilpnēm. Baltijas jūras sateces baseinā, kas ir četras reizes lielāks nekā pati jūra, dzīvo 85 miljoni cilvēku, tāpēc cilvēku darbība ļoti ietekmē apstākļus Baltijas jūrā, kuru ar okeānu savieno vien šaurie un seklie Dāņu šaurumi. Ņemot vērā ierobežoto ūdens apmaiņu ar Ziemeļu jūru, barības vielas Baltijas jūrā var palikt pat 30 gadus. Tādēļ jebkura barības vielu ieplūde rada ilgtermiņa sekas, un tādēļ jūras atveseļošanas pasākumiem nepieciešams ilgs laiks.