Vispamanāmākā Baltijas jūras problēma ir eitrofikācija, kas vasarā izpaužas kā aļģu masveida ziedēšana.
Eitrofikācija nav nekas jauns, un Baltijas jūrā tā sākās jau 1800. gados. Kaut arī daudz ir paveikts, lai jūru atveseļotu, jau reiz sākušos eitrofikāciju ir grūti iegrožot.
Mazāk redzama un zināma ir dažādu bīstamo vielu iedarbība un sinerģiskais efekts. Bažas par šīm ķimikālijām sāka rasties tikai pirms dažiem desmitiem gadu, un vēl joprojām mums trūkst datu, lai pilnībā izvērtētu to koncentrāciju ūdenstilpnēs un noteiktu, kā tās ietekmē ūdens ekosistēmu un cilvēku.
