Kaikista näkyvin ongelma Itämerellä on rehevöityminen, joka näkyy kesäaikaan runsaina leväkukintoina.
Rehevöitymisprosessi tunnetaan hyvin, ja Itämerellä se alkoi jo 1800-luvulla. Paljon on jo tehty meren tilan parantamiseksi, mutta jo alkanutta rehevöitymisprosessia on hankala hillitä.
Useiden haitallisten aineiden aiheuttamat vaikutukset ja niiden yhteisvaikutukset eivät ole niin ilmeisiä ja tunnettuja kuin ravinteiden aiheuttamat ongelmat. Huoli näistä kemikaaleista heräsi vasta muutama vuosikymmen sitten. Meillä ei ole riittävästi tietoa haitallisten aineiden määrän ja niiden vesiekosysteemiin tai ihmiseen aiheuttamien vaikutusten perusteelliseksi arvioimiseksi.
