The tydligaste problemet i Östersjön är eutrofiering (övergödning), vilket kan observeras sommartid i form av massiva algblomningar.
Eutrofieringsprocessen är välkänd och i Östersjön observerades övergödning redan under 1800-talet. Många åtgärder har gjorts för att avlasta och restaurera Östersjön, men en påbörjad eutrofiering är svår att stoppa.
Effekterna av farliga ämnen och kombinationen av farliga ämnen är mindre uppenbara och mindre kända. Medvetenheten om dessa kemiska ämnens effekter uppstod för bara några decenier sedan. Vi saknar fortfarande tillräckliga data för att grundligt utvärdera koncentrationerna av ämnena i vattendrag och deras effekt på ekosystemen i vattendragen, men också effekten på människor.
