Läänemere kõige nähtavamaks probleemiks on eutrofeerumine, mida suveajal võib märgata vetikate laialt levinud õitsemisena merepinnal.
Eutrofeerumisprotsess on hästi tuntud ning Läänemeres algas see juba 1800. aastatel. Mereseisundi parendamiseks on tehtud palju, kuid juba käivitunud eutrofeerumisprotsessi on keeruline ohjata.
Erinevate ohtlike ainete mõjud ja sünenergeetilised mõjud on vähem selged ja vähem tuntud. Ohtlike kemikaalide probleem meres tekkis vaid paarkümmend aastat tagasi. Ei ole veel piisavalt andmeid, et põhjalikult hinnata nende ainete kontsentratsioone veekogus või nende mõju vee ökosüsteemide ja inimesele.
